Suđenje je počelo 12 godina nakon što je njegov predmet razdvojen od postupka protiv drugih pripadnika postrojbe.


Tužiteljstvo BiH prvotno je podiglo 2010. godine optužnicu protiv Ališpage i drugih pripadnika Specijalnog odreda za posebne namjene „Zulfikar“, postrojbe koja je djelovala pri Stožeru vrhovnog zapovjedništva  Armije BiH. Ališpago je optužen po zapovjednoj odgovornosti jer, prema navodima optužnice, nije poduzeo mjere protiv podređenih pripadnika nakon što su u Trusini počinjena ubojstva civila i pripadnika HVO-a koji su se predali.




Postupak protiv njega je razdvojen 2014. godine zbog njegova zdravstvenog stanja.


Na prvom ročištu novog postupka tužitelj Tužiteljstva BiH Ljubo Badnjar pročitao je optužnicu i najavio da će dokazivati kako je Ališpago imao stvarni nadzor nad pripadnicima postrojbe. Obrana je odbacila optužbe, tvrdeći da su neosnovane, a dokazi nezakoniti. Ališpago se ponovno pozvao na zdravstvene probleme i poteškoće s pamćenjem. No, Sud BiH je odbio zahtjev za novo vještačenje njegove sposobnosti. Nastavak suđenja zakazan je za 2. listopada.


U međuvremenu je Sud BiH donio pravomoćne presude za ostale optužene u prvom vođenom postupku. Ališpagin zamjenik Nihad Bojadžić dobio je 15 godina zatvora za ratni zločin protiv civilnog stanovništva i ratnih zarobljenika, Nedžad Hodžić 12 godina, a Mensur Memić 10 godina za zločine nad zarobljenim pripadnicima HVO-a. Rasema Handanović, koja je priznala sudjelovanje u zločinu i surađivala s Tužiteljstvom BiH, osuđena je na pet i pol godina zatvora, a Edin Džeko na 13 godina, dok su Dževad Salčin i Senad Hakalović oslobođeni optužbi.


Pripadnici odreda „Zulfikar“ u napadu na Trusinu 16. travnja 1993. godine ubili su 18 civila hrvatske nacionalnosti i četiri pripadnika HVO-a koji su se prethodno predali. Istoga dana dogodio se i zločin u Ahmićima kod Viteza, gdje su pripadnici HVO-a ubili 116 Bošnjaka.